대련사는 656년(백제 의자왕 16) 의각과 도침이 창건하였다. 인근 임존산성에 연당과 연정이 있어서 절 이름을 대련사라 하였다.

동국여지승람과 범우고, 가람고 등에는 대련사라고 적혀 있다.

845년(문성왕 7) 무주 무염이 중창하였고, 1648년(조선 인조 26)과 1691년(숙종 17), 1745년(영조 21)에 각각 중수하였다.

1836년(헌종 2) 보월(普月)이 수선당을 중수하였으며, 1843년(헌종 9)에는 노전을 새로 지었다.

보월은 1849년(헌종 15)에도 법당을 중수하여 절의 면모를 새롭게 하였다. 이후 1975년 원통보전을 중수하여 오늘에 이른다.

근대 불화의 대가 문성(文性: 1876∼1954)이 머물던 곳으로도 알려져 있다.

현존하는 건물로는 극락전과 노전·산신각, 요사채 등이 있다.

이 중 극락전은 1984년 5월 17일 충청남도문화재자료 제177호로 지정된 문화재로서, 본래는 원통보전이라고 하였으나 1975년 해체 보수할 때 대련사법당중수상량과 함께 ‘극락보전’이라는 현판이 발견되어 극락전으로 바꾸었다. 정면 3칸, 측면 2칸의 다포계 맞배지붕 건물로 양옆에 눈과 비를 피할 수 있는 풍판이 달려 있다.

유물로는 충청남도 문화재자료 제178호로 지정(1984년 5월 17일)된 삼층석탑이 있다. 대련사 삼층석탑은 사찰 내의 중앙에 위치하고 있는 삼층석탑은 고려시대 말기의 석탑으로서, 총고가 260cm로 여러 곳에서 모은 석재를 사용하여 만든 것이며, 비교적 탑의 형태를 유지하고는 있으나 마모가 심하고 상륜부는 노반과 복발만이 남아있는 상태이다.